Món ăn này vốn có xuất xứ từ Cambodia sau đó được lan truyền sang miền Tây Nam Bộ và trở thành món ăn đặc sản của miền Tây và phổ biến của miền Nam. Bún Mắm ở Việt Nam được nấu bằng mắm cá Linh hoặc cá Sặc thay vì mắm Bù Hốc như nguồn gốc ở Cambodia. Chính vì vậy, khi du nhập vào nước ta, bún Mắm đã mang một hương vị hoàn toàn khác, mang một đặc trưng riêng của miền Tây.